全区中药资源约2000余种,其中植物类近2000种,动物类160种,矿物类约60种。不少种类的中药蕴藏量较大,其中在全国占重要地位的有:肉苁蓉(Cistanche deserticola,C. tubulosa)、锁阳(Cynomorium songaricum)、甘草(G1ycyrrhiza uralensis,G. glabra)、麻黄(Ephedra equisetina,E. sinica)、新疆紫草(Arnebia euchroma)、阿魏( Ferula fukanensis,F. sinkiangensis)、枸杞子(Lycium barbarum)、伊贝母(Fritillaria pallidiflora)、红花(Carthamus tinctorius)、罗布麻(Apocynum venetum)、大叶白麻(Poacynum hendersonii,P. pictum)等,均有很大的产量。其他蕴藏量较大的中药材还有:雪荷花(Saussurea involucrata)、苦豆子( Sophora alopecuroides)、马蔺子(Iris lactea var. chinensis)、银柴胡(Stellaria dichotoma var. lanceolata)及沙棘(Hippophae rhamnoides subsp. sinensis)等。
本区的中药资源,需要对一些重要的野生中药,采取人工引种栽培措施,以扩大产量,如肉苁蓉、锁阳、阿魏、新疆紫草等。对一批珍稀濒危的药用动物,如赛加羚羊、马麝等应加强保护及繁殖。本区的维药等民族药物,具有很丰富的内容,也应加速研究及开发。